En el año 2000 se inició en BESANA este nuevo proyecto de futuro para adaptar el colegio al nuevo sistema educativo. Se inició una nueva etapa al implantar el Bachillerato en las nuevas modalidades de Ciencias de la Naturaleza y de la Salud y Humanidades y Ciencias Sociales.
Las alumnas que acceden a estos estudios tienen que superar la etapa de la Educación Secundaria Obligatoria o la Formación Profesional de Grado Medio. Una vez superada esta etapa educativa podrán acceder a la formación profesional de grado superior y a los estudios universitarios.
Sin olvidar el objetivo prioritario de BESANA, la formación integral de sus alumnas y a través de la enseñanza de estas materias, nos proponemos consolidar su madurez personal, social y moral, que les permita actuar de forma responsable, autónoma y solidaria en el desarrollo y mejora de su entorno.